本校依據「國立成功大學組織規程」第七條第一項第一款規定，設置體育室，負責體育教學、體育活動及運動場地營運管理。本室置主任一人綜理室務，其人選依「國立成功大學體育室室主任推選、續聘及解聘辦法」與相關法令之規定，由校長聘任之。
體育室設下列三組，每組置組長一人，以襄助室務之推行，其人選由體育室室主任選派，並依相關規定聘任之。
一、教學組：掌理體育教學業務與教學圖書儀器之規劃、維護、購置及管理，並辦理相關之研究發展事宜。
二、活動組：掌理教職員生體育活動之推動及校代表隊輔導與諮商事宜。
三、場地組：辦理運動場地設備器材之規劃、維護、購置及營運管理。
本校體育實施，由體育室遵照教育部頒定「修正專科以上學校體育實施方案」斟酌本校實際情形辦理，無論體育教學課程及課外體育活動均分別由本室教學組及活動組訂定計劃，逐步實施。

體育教學方面，87學年度以後入學之新生，一、二年級為必修課程，另開授選修課程供各年級選修，每週均授課兩小時。本校體育必修課程劃分為4個學期，每一個學期的規劃皆有其教育重點與理念：
(一) 第一學期：主要是培養學生具有健康體適能、全人健康與基本運動傷害處理的正確觀念與知能，課程包含運動處方設計與健身訓練原理與實務應用。此課程中除了實際操作與測驗，期末亦安排學科測驗。
(二) 第二學期：承襲前校長賴明詔博士強調運動健康的理念，要求成大須於課程中訓練學生心肺適能(3000公尺測驗)，同時配合該學期的體適能週活動，以科學化評量方式讓學生能瞭解自身體適能的水準。
(三) 第三學期與第四學期：本室則提供了不同範疇的專項運動課程內容供學生做多元化的選擇(包含健康體適能、個人球類、團體球類與技擊、舞蹈和其它類別等)，課程目的在於讓學生可體驗並學習不同專項運動，以培養終身運動的技能。 另選修課程之授課內容訂有講授綱要，除戶外實際操練外，亦安排視聽教學及運動傷害防護等課程。
每學期課程依年級及性別分班實施，開設項目有羽球、桌球、網球、軟式網球、籃球、排球、棒球、壘球、足球、太極拳、防身術、國術、高爾夫、韻律、瑜珈、有氧舞蹈、國際標準舞、健訓、體適能運動、飛輪有氧、健康有氧、自由車、游泳、水中有氧、適應體適能特別班等，務使每一位學生對體育皆能獲得普遍之認知與適當之訓練。

校外活動方面，目前本校計有羽球、桌球、軟網、硬網、籃球、排球、足球、橄欖球、棒球、壘球、田徑、游泳等男、女共廿隊校運動代表隊，每年代表學校參加各項大專盃運動競賽、聯賽及各種地區性體育活動，校慶期間與臺灣大學共同舉辦臺大成大兩校聯誼賽。每一代表隊皆安排體育室教師擔任教練，平日訓練每週6小時以上、寒暑假集訓均2～4週，每週20小時以上；校內活動方面，每學年舉辦一次全校運動大會及籃球、排球、足球、橄欖球、桌球、羽球、棒球、壘球、軟網、硬網、田徑、游泳等各項系際比賽，體適能週舉辦校園路跑、飛輪有氧體驗活動、教職員工生體適能檢測及運動傷害暨物理治療諮詢站等活動。

運動場地方面，本校運動設施面積共六萬餘平方公尺，包括田徑場、室外游泳池、橄欖球場兼足球場、棒壘球場、籃球場、排球場、網球場、羽球場、重量訓練室及體適能中心等。其中，自強校區及光復校區操場除供校內授課使用，亦對公眾開放，有需求的民眾可無償使用。本校亦設有兩處綜合型體育館，中正堂體育館綜合球場佔地2,870平方公尺，看台座位6,300個，球場面積1,300 平方公尺，包含1樓游泳池、2樓健身房、3樓桌球場、4樓羽球場。如全部作為集會場所，可容納7,500人；並於107年新建綜合體育館落成啟用，包含溫水游泳池、健身中心、桌球場及羽球場，除供體育教學及全校性活動外，並可供社會教育活動之需。